Marion Eckstein studierte zunächst Germanistik und Schulmusik mit dem Hauptfach Gesang bei Gisela Krenkel in Stuttgart; nach dem Staatsexamen Gesangsstudium bei Julia Hamari, anschließend künstlerisches Aufbaustudium bei Dunja Vejzovic mit Auszeichnung. Wesentliche künstlerische Impulse in der Liedklasse von Konrad Richter sowie in Meisterkursen von Anna Reynolds, Klesie Kelly und Grace Bumbry.
Marion Eckstein ist Stipendiatin des Internationalen Richard-Wagner-Verbandes und erhielt 2005 den Kulturförderpreis des Landkreises Bernkastel-Wittlich.
In ihrer regen Konzerttätigkeit erarbeitete sie sich ein breitgefächertes Repertoire, das von frühbarocker Literatur über J. S. Bachs Oratorien, Mahlers Kindertotenliedern, Richard Wagners Wesendonk-Liedern und Beethovens Missa solemnis bis zu zeitgenössischer Musik reicht. Zahlreiche Engagements führten Marion Eckstein u.a. zu den Salzburger Festspielen, dem Leipziger Bachfest, den Ludwigsburger Schlossfestspielen, dem Europäischen Musikfest Stuttgart, ins Megaron Athen, das Festspielhaus Baden-Baden, die Tonhalle Zürich und das Wiener Konzerthaus. Zusammenarbeit mit Ivor Bolton, Rafael Frühbeck de Burgos, Thomas Hengelbrock, Kay Johannsen, Ludger Rémy, Helmuth Rilling und Christoph Spering, Neue Vocalsolisten, European Chamber Orchestra, Balthasar-Neumann-Ensemble, Tonhalle-Orchester Zürich und Bach-Collegium Stuttgart.
Sie sang u.a. Bachs H-Moll-Messe bei den Salzburger Festspielen und beim Bachfest Leipzig. Zahlreiche Rundfunkproduktionen und CD-Einspielungen.